Jan 19, 2019 09:43
5 yrs ago
1 viewer *
English term
surface burial method
English to Russian
Science
Science (general)
The contact residues were identified by calculating the difference in accessible surface area between the Fab crystal structure and hTIM3 structure alone ("surface burial method").
residues that show buried surface area upon complex formation with Fab were defined as being part of the contact residues
residues that show buried surface area upon complex formation with Fab were defined as being part of the contact residues
Proposed translations
+1
47 mins
Selected
метод определения «утопленных» поверхностных остатков / контактной поверхности молекул
Этот метод не имеет особого названия; это метод, позволящий определить, какие поверхностные группы окажутся «утопленными» при формировании контактной поверхности (в данном случае при кристаллизации белков).
Вuried surface area - площадь контактной поверхности между [докируемыми] белками, см., например:
_____________________
BSA (Buried Surface Area) — площадь контактной поверхности между докируемыми белками, Isc — поверхностная оценочная функция (Interface scoring function); Evdw — значение энергии Ван-дерваальсовых взаимодействий; N(sb) — количество солевых мостиков; N(hb) — количество водородных связей.
https://ipnk.basnet.by/attachments/623/MagisterskiiVestnikP2... (стр. 19Б примечание внизу)
______________________________
На этом основании была предложена модель, согласно которой аламетицин образует в мембране агрегат с утопленной гидрофобной а-спиральной частью и выступающей гидрофильной С-концевой частью.
http://www.chem.msu.su/rus/books/ovchinnikov/p547-636.pdf (фактическая стр. 57, или 603, если пользоваться нумерацией в тексте)
________________________
Слово "утопленный" в таком контексте можно писать как в кавычках, так и без, поскольку оно применяется довольно широко.
Вuried surface area - площадь контактной поверхности между [докируемыми] белками, см., например:
_____________________
BSA (Buried Surface Area) — площадь контактной поверхности между докируемыми белками, Isc — поверхностная оценочная функция (Interface scoring function); Evdw — значение энергии Ван-дерваальсовых взаимодействий; N(sb) — количество солевых мостиков; N(hb) — количество водородных связей.
https://ipnk.basnet.by/attachments/623/MagisterskiiVestnikP2... (стр. 19Б примечание внизу)
______________________________
На этом основании была предложена модель, согласно которой аламетицин образует в мембране агрегат с утопленной гидрофобной а-спиральной частью и выступающей гидрофильной С-концевой частью.
http://www.chem.msu.su/rus/books/ovchinnikov/p547-636.pdf (фактическая стр. 57, или 603, если пользоваться нумерацией в тексте)
________________________
Слово "утопленный" в таком контексте можно писать как в кавычках, так и без, поскольку оно применяется довольно широко.
Peer comment(s):
agree |
Aleksey Smirnov
5 hrs
|
Спасибо!
|
|
neutral |
Igor Andreev
: в последнем случае (последняя ссылка) чаще используют "погруженный" и точно без кавычек )
8 hrs
|
Погруженный - один из возможных синонимов, спасибо.
|
4 KudoZ points awarded for this answer.
Comment: "Спасибо!"
-1
15 mins
метод поверхностного захоронения
Peer comment(s):
disagree |
Natalie
: Поверхностное захоронение применяют, например, для радиоактивных отходов. Ссылка не имеет совершенно никакого отношения к делу, к тому же в 1983 г., когда она была издана, обсуждаемой здесь тематики вообще не существовало
34 mins
|
ну и нэхай для отходов и всего остального, моя ссылка для кристаллов, и они не красные:-)
|
9 hrs
анализ [площади] поверхности, скрытой при взаимодействии
Расчет площади поверхности (SAS), скрытой при взаимодействии, отражает вклад гидрофобного эффекта
http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_10/ppt/Surface&Domains.ppt
Геометрическому докингу как методу определения структуры лиганд белковых комплексов присущи некоторые недостатки. Во-первых, он предполагает неизменность конформаций лиганда и мишени, которые, в действительности адаптируются друг к другу. Во-вторых, площадь скрытой поверхности отражает пространственную комплементарность взаимодействующих молекул, но и позволяет оценить энергию их взаимодействия и предсказать устойчивость комплексов. В принципе, может оказаться, что в реальном комплексе скрыта поверхность меньше максимально возможной, т.к. при этом более эффективно скажем, кулоновское взаимодействие или образуются дополнительные водородные связи.
http://earthpapers.net/molekulyarnyy-doking-pri-issledovanii...
одно из значений buried - скрытый
http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_10/ppt/Surface&Domains.ppt
Геометрическому докингу как методу определения структуры лиганд белковых комплексов присущи некоторые недостатки. Во-первых, он предполагает неизменность конформаций лиганда и мишени, которые, в действительности адаптируются друг к другу. Во-вторых, площадь скрытой поверхности отражает пространственную комплементарность взаимодействующих молекул, но и позволяет оценить энергию их взаимодействия и предсказать устойчивость комплексов. В принципе, может оказаться, что в реальном комплексе скрыта поверхность меньше максимально возможной, т.к. при этом более эффективно скажем, кулоновское взаимодействие или образуются дополнительные водородные связи.
http://earthpapers.net/molekulyarnyy-doking-pri-issledovanii...
одно из значений buried - скрытый
Peer comment(s):
neutral |
Natalie
: Ой, нет, Игорь, "скрытой при взаимодействии" - это что-то совершенно непонятное, вдумайтесь, можно ли понять, что это означает.
13 mins
|
Спасибо за замечание, перешел в окно для обсуждения..
|
Discussion
И о surface burial без понимания контекста можно много чего придумать (см. пример ниже)
Контактную поверхность как раз и можно определить путем поиска остатков, которые "скрываются" или перестают быть экспонированными на поверхности и доступными для модификации.
В данном случае рассматривается аспект доступности и противопоставляется accessible surface area и buried surface area при образовании белкового комплекса. Поэтому кажется нет никаких противоречий или препятствий для такого перевода
Ведь по сути никто не куда не тонет и не погружается в глубину молекулы, а просто скрывается часть поверхности белковой молекулы в области контакта, в результате чего аминокислотные остатки, ранее экспонированные на поверхности, утрачивают доступность для взаимодействия.
Впрочем не настаиваю, поскольку как Вы справедливо заметили : метод пока не имеет особого названия
http://bartellab.wi.mit.edu/publication_reprints/Koldobskaya...
Метод поверхностного захоронения применительно к этой теме я нигде не нашел...