pub действительно означает "public", вот только переводить его здесь нельзя. Это ИМЯ папки в корневом оглавлении файловой системы, и дробная черта является частью имени (и пишется без пробела).
С domain user чуть сложнее: здесь речь идет о файловой системе, которая видна пользователю домена, поскольку без регистрации в домене эта папка может быть просто не видна.
Все предложение в целом можно перевести, например, так: загрузите файл XXX на файловый сервер files.Y, сохранив его в папку /pub из-под учетной записи пользователя домена.